Prawa miejskie Zator otrzymał w 1292 roku za panowania księcia cieszyńskiego Mieszka. W 1445 roku powstało księstwo zatorskie a miasto Zator awansowało do miana jego stolicy. Pierwszy książę zatorski Wacław obwarował miasto, poszerzył jego granice i przystąpił do budowy zamku. W mieście prosperował handel i rzemiosło. W 1456 r. księstwo zatorskie zostało zhołdowane Polsce, a w 1494 r. ostatni książę zatorski Janusz sprzedał księstwo królowi Janowi Olbrachtowi. Tereny zatorszczyzny zostały włączone do woj. krakowskiego. Korzystając z licznych przywilejów królewskich miasto rozwijało się dobrze, rozkwitał handel, dobrze prosperowała gospodarka rybna. Zator był miejscem sejmików szlacheckich i siedzibą starostwa, stanowił centrum życia politycznego i gospodarczego na tym terenie.

Okres wojen szwedzkich przyniósł miastu zniszczenia i upadek gospodarczy. Mieszkańców nękały nieurodzaje, powodzie, pożary, i "morowe powietrze".
W wyniku I rozbioru Polski ziemia zatorska znalazła się w granicach zaboru austriackiego jako część Galicji. W 1778 roku rząd austriacki sprzedał dobra zatorskie staroście Fryderykowi Piotrowi Duninowi. Od tej pory aż do drugiej wojny światowej zatorszczyzna była w posiadaniu możnych rodów: Duninów, Poniatowskich, Tyszkiewiczów, Wąsowiczów, Potockich.
Uruchomienie w 1884 r. linii kolejowej Skawina-Oświęcim przyczyniło się do ponownego ożywienia życia gospodarczego miasta. Powstawały nowe zakłady wytwórcze, rozwijało się rzemiosło, kwitł handel, prosperowała gospodarka rybna. Od 1891 r. działał w mieście Sąd Grodzki.

W wyniku II wojny światowej Zator został wcielony do Rzeszy Niemieckiej. Miasto zostało wyzwolone 26 stycznia 1945 r. przez wojska radzieckie. Aktualnie Zator pełni funkcję lokalnego ośrodka usługowego, jest siedzibą władz miejskich.