Mazury to nie tylko kraina „tysiąca jezior”, charakterystyczne dla regionu są również bory mieszane, bagna i torfowiska. Zachowanie tym obszarom naturalnego charakteru przyczyniło się do występowania w nich dużej różnorodności ptaków i roślin.

Stwierdzono występowanie 262 gatunków ptaków. Równie bogaty i urozmaicony jest świat zwierząt. Sprzyjają temu warunki siedliskowe – rozległe lasy, a także obfitość wód i bagien.

Aby uchronić najpiękniejsze zakątki Mazur powstają rezerwaty, parki krajobrazowe oraz pomniki przyrody. Nie wszystkie są dostępne dla turystów, obowiązuje tam ograniczenie poruszania się (zakaz palenia ognisk, rozbijania biwaków). Dotyczy to głównie rezerwatów faunistycznych, gdzie nadmierna penetracja mogłaby zakłócić spokój zwierząt.

Rezerwaty Powiatu Giżyckiego

Rezerwat Borki, utworzony w 1958 r., pow. 232,00 ha, nadleśnictwo Borki. Florystyczny. Fragment Puszczy Boreckiej. Różnorodna rzeźba terenu. Występują grądy grabowo-lipowe, olsy, łęgi, bory świerkowe. Występują m.in. perkoz, bocian czarny, kania czarna, orzeł bielik, kobuz, bekas, rybołów, słonka. Bogata fauna, spotkać można m.in. żubra, rysia, łosia, jelenia, wilka, lisa, jenota i dzika.

Rezerwat Mazury, utworzony w 1981 r., pow. 373 ha, frag. Puszczy Boreckiej. Krajobrazowy.

Rezerwat Lipowy Jar, utworzony w 1981 r., pow. 48,50 ha, frag. Puszczy Boreckiej. Krajobrazowy.

Rezerwat Wyspa Lipowa, utworzony w 1975 r., wyspę porasta wysokopienny las lipowy z domieszką dębu.

Rezerwat Spytkowo-Torfowisko, utworzony w 1958 r. 2,10 ha, Spytkowo/Giżycko. Florystyczny, torfowisko przejściowe ze stanowiskiem wierzby lapońskiej.

Rezerwat Jeziora Kożuchy, utworzony w 1953 r., pow. 28,16 ha, Kożuchy/Giżycko. Ornitologiczny. Jedna z największych kolonii mewy śmieszki w Polsce, występuje również błotniak stawowy, kania czarna, łabędź niemy i remiz.

Rezerwat Perkuny, utworzony 1954 r., pow. 3,50 ha, Perkunowo/Giżycko. Florystyczny. Torfowiska wysokie i przejściowe z rosiczką okrągłolistną, turzycą bagienną, bażyną czarną itp.

Rezerwat na wyspach jeziora Mamry i Kisajno, utworzony 1957 r., pow. 215,35 ha. Ornitologiczny. Obejmuje 18 wysp na szlaku WJM pokrytych drzewostanem. Rejon lęgów wielu gatunków ptaków wodnych, błotnych i drapieżnych.

Rezerwat Jeziora Dobskie, utworzony w 1976 r. pow. 1833,22 ha, Fuleda, Doba/Giżycko. Krajobrazowy. Ochrona dobrze zachowanego krajobrazu polodowcowego z głazami na brzegu. Znajduje się tu kolonia lęgowa kormorana, czapli siwej, derkacza, żurawia, mewy srebrzystej i rybitwy. Rezerwat przyrody nieożywionej Głazowisko Fuledzki Róg.

Rezerwat Bagna Nietlickie, pow. 513 ha, gmina Miłki. Ostoja ptaków błotnych i wodnych: największe w Polsce zlotowisko żurawi, miejsce lęgowe m.in. bąka, cietrzewia, kropiatki, derkacza, orlika krzykliwego, rybitwy czarnokropiatki, wodniczka.

Rezerwat Staświńskie Łąki, pow. 647,50 ha, gmina Wydminy. Florystyczny. Zbiorowisko śmiałka darniowego, wierzby szarej, purpurowej, rokity i pięciopręcikowej. Ostoja cietrzewia.